L’une des premières réalisations de l’Alliance Éco-Baleine est la création du Fonds Éco-Baleine pour le soutien des activités de recherche, de formation et d’éducation relatives aux activités d’observation en mer des baleines dans le parc marin du Saguenay–Saint-Laurent. Cet engagement s’appuie sur l’un des principes fondamentaux du développement durable, selon lequel les utilisateurs d’une ressource ont la responsabilité d’en assurer la pérennité.

Le Fonds, alimenté par une contribution annuelle des entreprises d’excursion en mer membres de l’Alliance, est géré par la Fondation de la faune du Québec (FFQ). La FFQ est ainsi responsable de l’administration du Fonds. Elle participe, avec les membres de l’Alliance Éco-Baleine, à la gestion des appels d’offres et à la sélection des projets qui sont soutenus par le Fonds.

Le comité d’orientation du Fonds est formé de cinq personnes, soit deux représentants des entreprises d’excursion en mer membres de l’Alliance, un représentant des gestionnaires du parc marin, un représentant du Groupe de recherche et d’éducation sur les mammifères marins (GREMM) et un représentant de la FFQ. Ce comité a la responsabilité de développer les priorités et les stratégies de financement du Fonds suivant les principes et objectifs adoptés par les membres de l’Alliance. Le comité s’appuie sur les recommandations formulées dans le Plan directeur, le Plan de gestion des activités en mer et par les comités-conseils du parc marin du Saguenay–Saint-Laurent.

Le Fonds soutiendra deux catégories d’activités : les activités de suivi et formation et les activités de recherche et développement. Annuellement, les fonds serviront en priorité à assurer la continuité des programmes de suivi et formation identifiés par le comité d’orientation. Les fonds supplémentaires seront attribués aux projets de recherche et développement suivant les processus de soumission et d’évaluation encadrés par la FFQ.